Siikajoen hallintoa, taloutta ja operatiivista toimintaa johtaa kunnanjohtaja. Siikajoen kunnanjohtajana toimii  Pertti Severinkangas.

Kunnan palveluorganisaatio muodostuu seuraavista toimialoista, joita johtavat toimialajohtajat

- sivistystoimiala, sivistystoimenjohtaja Merja Hillilä
- tekninen toimiala, tekninen johtaja Satu Kaipio

Toimialat jakautuvat tulosalueisiin ja toimintayksiköihin, joita johtavat vastuuviranhaltijat.

Kunnan luottamushenkilöorganisaation muodostavat valtuusto, kunnanhallitus, lautakunnat ja johtokunnat.