Kunnan luottamushenkilöorganisaation muodostavat valtuusto, kunnanhallitus, lautakunnat ja muut toimielimet.

• Valtuusto
• Kunnanhallitus
• Tarkastuslautakunta
• Keskusvaalilautakunta
• Sivistyslautakunta
• Tekninen lautakunta

Kuntalain mukaan kunnassa ylintä päätösvaltaa käyttää valtuusto. Valtuutetut ja varavaltuutetut valitaan joka neljäs vuosi järjestettävissä kuntavaaleissa.

Kunnanhallitus vastaa kunnan hallinnosta ja taloudenhoidosta sekä toimeenpanee valtuuston päätökset.

Siikajoen hallintoa, taloutta ja operatiivista toimintaa johtaa kunnanjohtaja. Siikajoen vt. kunnanjohtajana toimii  Tiina Hovi.

Kunnan palveluorganisaatio muodostuu seuraavista toimialoista, joita johtavat toimialajohtajat

- hallinnon toimiala, hallintojohtaja Tiina Hovi
- sivistystoimiala, sivistysjohtaja Juha Isomaa
- tekninen toimiala, tekninen johtaja Satu Kaipio

Toimialat jakautuvat tulosalueisiin ja toimintayksiköihin, joita johtavat vastuuviranhaltijat.